隐藏关卡是游戏深度探索的重要内容之一，目前已知的三大隐藏关卡分别是溶洞关、沼泽关和墓穴关。这些隐藏关卡均出现在二村（2-1）场景中，每个隐藏关对应不同的常规关卡，并需要特定条件触发。隐藏关卡的入口设计巧妙，往往与环境互动或特定行为相关，掌握这些机制是解锁隐藏内容的关键。
溶洞关的入口位于冰雪关卡BOSS房间，击败BOSS后有概率出现被堵住的道路。天上会掉落一个牢笼，解救其中的矿工并与其对话，可让他打开被堵住的路，跟随矿工即可抵达矿洞入口。5.0.0版本新增的矿工角色可直接使用技能越过障碍到达矿洞，这为玩家提供了另一种进入方式。溶洞关卡的地面布满冰面，会影响玩家操作，且冲击波和爆炸可能引发冰刺掉落造成伤害。
沼泽关的触发机制较为特殊，需要在森林关普通房间中找到奉献池。将武器投入池中会转化为光球，并显示你的奉献将成为主的食粮提示文字。当奉献值累计达到5点（白色武器1点，绿色2点，依此类推），BOSS将被强制替换为变异的哥布林祭师。击败变异祭师后会出现紫色传送门，通过该传送门即可进入沼泽关卡。沼泽环境会减缓玩家移动速度，但宝箱会自动开启且金币蓝球数量增加。
墓穴关的入口位于遗迹关BOSS房间，同样有概率出现额外通路。触发机关后会出现棋盘谜题，玩家需要通过方向键移动符文，使相同符文相连并填满所有格子。解谜有时限，失败后可使用一拳或超级大宝贝暴力破门，但会获得隐藏成就大力出奇迹。成功解谜后上方石门开启，出现传送门进入墓穴关卡。该机制考验玩家的逻辑思维和操作速度，是三大隐藏关中最具挑战性的入口设计。
隐藏关卡的BOSS战具有独特机制，无伤击败BOSS可获得增益BUFF，但死亡复活后会获得减益效果。三大隐藏关的解锁成就谜中谜需要通关所有隐藏关卡才能获得。玩家在探索时需注意，隐藏关卡难度普遍高于常规关卡，建议做好充分准备再尝试挑战。游戏版本更新可能会调整隐藏关机制，建议关注官方公告获取最新信息。
